Музыка к Final Fantasy IX была написана композитором Нобуо Уэмацу, она стала его последней эксклюзивной работой для «последней фантазии». В интервью Уэмацу говорил, что создать саундтрек для игры достаточно просто, необходимо написать восемь композиций для каждого персонажа, будоражащую тему битвы, печальную мелодию, тему внезапной опасности и ещё около десяти других треков. Тем не менее, за работой он провёл целый год, сочинив и записав около 160 мелодий, 140 из которых были использованы в игре. Нобуо Уэмацу сочинял музыку на пианино двумя абсолютно разными способами: «Чаще всего я писал музыку под конкретные сцены в игре, но иногда, и сценаристу приходилось подгонять игровые события под уже написанную мной музыку». Уэмацу говорил, что в Final Fantasy VII и Final Fantasy VIII главной задачей было – передать реализм происходящего, Final Fantasy IX – это, прежде всего, фантазия, и вставлять в неё много серьёзных мелодий было бы глупо, главенствовать должны более весёлые треки. Весь саундтрек был написан под влиянием средневековой музыки. Чтобы набраться вдохновения, Уэмацу специально отправился в путешествие по Европе, посмотрел старые замки Германии и другие древности. Но писать музыку в чистом средневековом стиле он не стал, так как посчитал, что она внесёт только «дисбаланс» и будет «скучной». Во время записи помимо обычных классических инструментов использовались и достаточно редкие, такие как казу и цимбалы. Также Уэмацу включил в игру некоторые мотивы из предыдущих частей, такие, например, как тема Вулкана Гулуг из первой части, тема Пандемониума из второй или тема Rufus Welcoming Ceremony из седьмой.
Уэмацу не раз говорил, что Final Fantasy IX – его любимая работа. Оригинальный саундтрек к игре содержал 110 звуковых дорожек. На диск под названием «Final Fantasy IX Original Soundtrack PLUS» были добавлены ещё 42 дополнительные дорожки. Также как и в Final Fantasy VIII и Final Fantasy X, в Final Fantasy IX присутствует главный хит - баллада «Melodies of Life». Музыку сочинил Уэмацу, слова написали Хироюки Ито (на японском языке) и Александр О. Смит (на английском), а исполнила известная японская певица Эмико Сиратори. Японский вариант песни звучал также на японской премьере игры, а английский вариант – на североамериканской и европейской премьерах.
Список треков (всего дисков четыре).
Диск первый:
1. The Place I'll Return to Someday
2. Memories Erased by a Storm
3. Battle Strategy Meeting
4. Skies of Alexandria
5. Vivi's Theme
6. Living by the Sword
7. Vamo Alla Flamenco
8. Decisive Action ~Search for the Princess~
9. Clowns of the Moonless Night
10. Steiner's Theme
11. Prima Vista Orchestra
12. Stolen Eyes
13. Tonight
14. Thy Warmth
15. Mistaken Love
16. Queen of the Abyss
17. Rustling Forest
18. Battle 1
19. Fanfare
20. Memories of that Day
21. Battle 2
22. Game Over
23. Run!
24. Goodnight
25. Crossing Those Hills
26. Ice Cavern
27. Frontier Village Dali
28. Far Away in the Twilight
29. Reckless Steiner
30. Limited Time
31. Zidane's Theme
32. The Black Waltz
Диск второй:
1. Cid's Theme
2. One Danger Put Behind Us...
3. Lindblum
4. Song of Memories
5. Hunter's Chance
6. Marsh of the Qu Clan
7. Quina's Theme
8. Aloha de Chocobo
9. Ukulele de Chocobo
10. Freya's Theme
11. South Gate, at the Border
12. Fairy Battle
13. Kingdom of Burmecia
14. Unforgettable Face
15. Kuja's Theme
16. Doubtful Sword
17. Sleepless Town Treno
18. Tantalus's Theme
19. Wicked Melody
20. Garnet's Theme
21. Road of Roots - Gargan Roo
22. Cleyra's Trunk
23. Cleyra Settlement
24. Eternal Harvest
25. Mourning the Sky
26. The Extraction
Диск третий:
1. Assault
2. Roses of May
3. Fossil Roo
4. Conde Petie, Village Where the Mountains Blow
5. Black Mage Village
6. Unrequited Love
7. Ceremony Before the Gods
8. Eiko's Theme
9. Ruins of Madain Sari
10. Summon Wall
11. Iifa Tree
12. Amarant's Theme
13. Footsteps of Desire
14. We're Thieves
15. Epic Battle of Love Letters
16. Quad Mist
17. Moogle's Theme
18. Those Whom We Must Protect
19. The Summoned Ones
20. Master of Time
21. Oeilvert
22. Chamber of a Thousand Faces
23. Appearance of the Frog and Servant
24. Sacred Ground Esto Gaza
25. Mount Gulug
26. Broken Spell, Healed Hearts
Диск четвертый:
1. The Airship Hilda Garde
2. Daguerro, the Hermit's Library
3. Ipsen's Castle
4. The Four Mirrors
5. Guardians
6. Terra
7. Bran Bal, the Souless Village
8. Pandemonium, the Castle Frozen in Time
9. Not Alone
10. Endless Sorrow
11. Return of the Evil Mist
12. Assault of the Silver Dragons
13. Memoria
14. Crystal World
15. The Darkness of Eternity
16. The Final Battle
17. Star-Crossed Lovers
18. Kiss of Betrayal
19. I Want to Be Your Canary
20. Inseparable Hearts
21. Behind the Door
22. Melodies of Life ~ Final Fantasy
23. Prelude
24. Coca-Cola Commercial Song, 15 Second
25. Coca-Cola Commercial Song, 30 Second
26. Melodies of Life (The Layers of Harmony)