Первое, если теряется ntldr, то не надо сразу гнать коней. Иногда бывает достаточно просто загрузиться с загрузочного диска и перегрузиться. И никаких консолей восстановления не надо. Кстати, она вообще кому-нибудь когда-нибудь помогала? :) Для ХР вообще делать фиксмбр бессмысленно, потому что загрузчик в мбр не пишется, как в дос/вин95(98).

Второе, возможно глючат шлейфы. Если они не глючат, то какой смысл оба винта садить на один? Не оптимально, во-первых, во-вторых, некоторые винты капризнячают при подключении на их шлейф некоторых винтов. У меня самсунг 160-ка так делал.

Третье, пых. :)