Если поставить прозрачность 0%, то окно естественно исчезнет. Закрыть ее (программу) можно будет только в диспетчере задач. Когда же запустишь ее снова, то... правильно! прозрачность снова 0%
Единственное, что можно сделать - это убить инишник.
З.Ы. Это я к тому, что нужно ограничение на прозрачность, хотя бы до 10%