Ха, ну если у тебя мать поддерживает оба разъема, то бери одну на AGP от Nvidia и одну на PCI-E от ATI и объединяй их в супер SLI-CrossFire систему!
А если серьезно, то конечно PCI-E. AGP версии карт частенько урезанные по частотам, например, 6600GT. Имеет смысл брать карту на AGP, толбко если необходим апгрейд видяхи, а мать держит AGP. Если берешь новую мать, то однозначно бери с PCI-E.