[Ратибор]

Вот тебе чудо-рецепт по запуску 2-х мусклов на одной машине.
1. Должно быть создано 2 папки с файлами MySQL.
3. Устанавливаем оба MySQL разными сервисами.
2. Пишется 2 разных конфига (my.ini) с обязательным указанием разных портов (например 3306 и 3307).
3. Копируем в %SYSTEM_ROOT% первый конфиг и стартуем первый MySQL.
4. Копируем в %SYSTEM_ROOT% второй конфиг (поверх первого) и стартуем второй MySQL.
5. Оба сервера успешно стартовали и слушают разные порты.

Проверено, работает.